Pierwsza siedziba mieściła się w Muzeum Historii Włocławka – tu pracował sekretarz generalny i członek założyciel Stanisław Kunikowski, który mógł jednocześnie prowadzić sprawy WTN. Było to możliwe dzięki życzliwości dyrektora Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku, a także członka założyciela WTN – Aleksandra Kociołowicza.
W kwietniu 1980 r. Wojewoda Włocławski przyznał WTN niewielki lokal (53 mkw.) w budynku przy ulicy 3 Maja 22. Dwa lata później, w połowie 1982 r., WTN musiało opuścić zajmowane pomieszczenia i przenieść się do nowej siedziby. Były to trzy małe pokoje (o łącznej powierzchni 45 mkw.) wynajmowane w budynku Wojewódzkiego Związku Kółek i Organizacji Rolniczych przy ulicy Okrzei 54. Siedziba ta przez pięć lat była warsztatem pracy dla kilkorga etatowych pracowników biura WTN, tu mieściły się zbiory biblioteczne, tu był też magazyn wydawnictw własnych.
Trudną sytuację lokalową poprawiła (ale tylko na kilka lat) kolejna przeprowadzka, w połowie 1987 r. – do budynku Naczelnej Organizacji Technicznej przy placu Wolności 1. Tym razem wynajmowane pomieszczenia miały 73 mkw. powierzchni użytkowej – dwa niewielkie pomieszczenia (gabinet dyrektora i sekretariat) na parterze i dwa pomieszczenia na drugim piętrze (w jednym pokoju były księgowość i dział organizacji konferencji, w drugim – biblioteka i dział wydawnictw).
Z dniem 1 stycznia 1990 r. decyzją Ministra Finansów zaprzestano dotowania działalności towarzystw naukowych (ogólnych i specjalistycznych) w Polsce, tym samym WTN stanęło przed ogromnymi problemami finansowymi i organizacyjnymi. Koniecznością stały się redukcje etatów (do niezbędnego minimum) i zmniejszenie liczby wynajmowanych pomieszczeń (z czterech do jednego, o powierzchni 20 mkw.). Zbiory biblioteczne i własne wydawnictwa zostały umieszczone w trzech różnych, wynajętych magazynach.