Stanisław Kunikowski urodził się 24 I 1951 r. w miejscowości Skrzeszewy. W 1975 r. uzyskał tytuł magistra historii na Wydziale Filozoficzno-Historycznym Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu. W 1976 r. podjął pracę zawodową jako asystent w Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku. W latach 1976–1994 zorganizował od podstaw Dział Miar, tworząc kolekcję metrologiczną, zaliczaną do jednej z trzech największych w Polsce.
W 1979 r. był w gronie członków założycieli Włocławskiego Towarzystwa Naukowego, w którym od początku do 2005 r. pełnił funkcję sekretarza generalnego oraz dyrektora Biura. Od marca 2005 r. do grudnia 2007 r. pełnił społeczną funkcję prezesa Towarzystwa. Od 2010 r. jest przewodniczącym sekcji Pedagogiki, Psychologii i Socjologii Włocławskiego Towarzystwa Naukowego. W roku 2012 r. Walne Zgromadzenie nadało mu tytuł Członka Honorowego WTN. W latach 2022-2026 ponownie objął funkcję prezesa Zarządu. Podczas Walnego Zebrania Członków WTN 16 czerwca 2026 r. podjęto jednogłośnie uchwałę w sprawie nadania Godności Prezesa Honorowego Włocławskiego Towarzystwa Naukowego doktorowi habilitowanemu Stanisławowi Kunikowskiemu.
W 1997 r. z ramienia Włocławskiego Towarzystwa Naukowego był współinicjatorem utworzenia Włocławskiego Centrum Edukacji Ekologicznej, w którym aktualnie pełni społeczną funkcję prezesa Zarządu.
Był członkiem Międzynarodowej Rady Redakcyjnej czasopisma „Przegląd Europy Środkowej i Wschodniej”. Jest przewodniczącym Komitetu Redakcyjnego „Włocławskiego Słownika Biograficznego” oraz członkiem Rady Naukowej rocznika „Zapiski Kujawsko-Dobrzyńskie”. W latach 2005–2007 był przewodniczącym Rady Programowej organizowanego corocznie przez Włocławskie Towarzystwo Naukowe i Kujawską Szkołę Wyższą we Włocławku Festiwalu Kultury, Nauki i Techniki.
Już piątą kadencję jest członkiem Rady Towarzystw Naukowych przy Prezydium Polskiej Akademii Nauk, a od 2019 r. także członkiem Prezydium Rady. Ponadto jest członkiem Towarzystwa Naukowego Płockiego, Społecznego Stowarzyszenia Prasoznawczego „Stopka” z siedzibą w Łomży, Towarzystwa Miłośników Włocławka, Towarzystwa Miłośników Ciechocinka, Polskiego Towarzystwa Historycznego. W Stowarzyszeniu Króla Kazimierza Wielkiego z siedzibą w Kowalu piastuje funkcję przewodniczącego Kapituły Odznaczeń oraz jest członkiem Rady Programowej.
Działalność naukowa, badawcza, dydaktyczna i w konsekwencji także wydawnicza Stanisława Kunikowskiego sprowadza się do czterech głównych płaszczyzn jego zainteresowań. Pierwsza to badania naukowe dotyczące społecznego ruchu regionalnego w Polsce ze szczególnym uwzględnieniem społecznych organizacji naukowych i kulturalnych. Badania te wynikają przede wszystkim z ponad czterdziestoletniej działalności w towarzystwach naukowych ogólnych, kulturalnych i regionalnych. Efektem badań nad rolą i funkcją towarzystw naukowych ogólnych regionalnych i tzw. akademickich była rozprawa doktorska obroniona w 1997 r. na Wydziale Dziennikarstwa i Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszarskiego. W 1999 r. ukazała się publikacja pt. Towarzystwa naukowe ogólne w Polsce w XIX i XX wieku stanowiąca pokłosie dysertacji doktorskiej. Szczególne zainteresowania badawcze dotyczą sytuacji społecznego ruchu naukowego i kulturalnego w Polsce w dobie transformacji ustrojowej po 1990 r. Efektem tych badań było zorganizowanie w Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku w 2000 r. ogólnopolskiej konferencji naukowej pt. „Instytucje kulturalne i stowarzyszenia regionalne w nowych warunkach rozwoju społeczno–gospodarczego Polski”. Konferencja odbyła się w ramach przygotowań do obradującego w grudniu 2000 r. w Warszawie Kongresu Kultury Polskiej. Sytuacji społecznego ruchu naukowego i kulturalnego w Polsce w dobie gospodarki rynkowej oraz w kontekście wejścia Polski do Unii Europejskiej Stanisław Kunikowski poświęcił wiele artykułów, które ukazały się m.in. w kwartalnikach PAN: „Nauka” i „Heureka. Problemy Społecznego Ruchu Naukowego”. Problematyce regionalnego ruchu kulturalnego i naukowego w Polsce ze szczególnym uwzględnieniem Włocławka oraz regionu Kujaw wschodnich i ziemi dobrzyńskiej poświęcił rozprawę habilitacyjną pt. „Kultura, sztuka, nauka we Włocławku, na Kujawach wschodnich i w ziemi dobrzyńskiej w latach 1945–1998” przedstawioną na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Drugi nurt badań naukowych Stanisława Kunikowskiego obejmuje historię kultury materialnej i zbiorów historycznych, zapoczątkowaną w latach osiemdziesiątych XX w. nad dziejami miar w Polsce. W 2001 r. opublikował książkę pt. „Z dziejów miar w Polsce. Katalog miar ze zbiorów Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku”.
Od 1997 r. wraz z zespołem historyków i historyków sztuki zrzeszonych we Włocławskim Towarzystwie Naukowym prowadzi badania naukowe nad dziejami i dniem dzisiejszym obiektów rezydencjonalnych Kujaw wschodnich i ziemi dobrzyńskiej. Od 1997 r. zespół pod kierownictwem naukowym S. Kunikowskiego otrzymał osiem grantów rocznych z Komitetu Badań Naukowych na prowadzenie badań terenowych i źródłowych. Włocławskie Towarzystwo Naukowe opublikowało opracowania ponad 150 obiektów rezydencjonalnych, w dziewięciu tomach, pod redakcją S. Kunikowskiego.
Trzecim segmentem jest popularyzacja nauki i kultury we Włocławku oraz na terenie Kujaw wschodnich i ziemi dobrzyńskiej. W okresie pracy w Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku (1976–1994) zorganizował około 50 wystaw z zakresu historii miar, historii Kujaw wschodnich i ziemi dobrzyńskiej, dziejów harcerstwa polskiego we Włocławku, historii przemysłu we Włocławku. Od 1993 r. uczestniczył w badaniach naukowych nad dwutomową monografią Włocławka, która ukazała się w 1999 r. (t. I) i 2001 r. (t. II ). W obu tomach zamieścił artykuły dotyczące handlu wiślanego we Włocławku w XVI–XVII w. oraz życia kulturalnego i naukowego we Włocławku po 1945 r. Od 2003 r. przewodniczy badaniom naukowym i jest redaktorem naczelnym „Włocławskiego Słownika Biograficznego”. Dotychczas ukazało się jedenaście tomów z ponad 1000 biogramów. Pod jego redakcją ukazały się dwa przewodniki: Włocławek i okolice (cztery wydania zarówno w języku polskim, jak i angielskim, 2000–2011), Ciechocinek i okolice (2002), a także Włocławek. Widoki miasta do 1939 r. (2000). Wydawnictwa: Włocławek i okolice oraz Włocławek. Widoki miasta do 1939 r. otrzymały trzecie nagrody na Międzynarodowych Targach Poznańskich w roku 2000. Był organizatorem, autorem referatów, a także przewodniczącym i współprzewodniczącym wielu konferencji naukowych dotyczących najważniejszych wydarzeń związanych z historią i dniem dzisiejszym Włocławka oraz regionu Kujaw i ziemi dobrzyńskiej.
Czwartą płaszczyzną jest działalność naukowa i dydaktyczna prowadzona w Kujawskiej Szkole Wyższej (poprzednio: Wyższa Szkoła Humanistyczno-Ekonomiczna) we Włocławku, której Włocławskie Towarzystwo Naukowe jest założycielem. Był jednym ze współorganizatorów utworzenia w 1995 r. Wyższej Szkoły Pracy Socjalnej. W latach 1997–2003 pełnił przez dwie kadencje funkcję prodziekana na Wydziale Pedagogicznym, a w latach 1997–1998 obowiązki dziekana tegoż Wydziału. Od 2008 r. powołany został przez rektora na stanowisko profesora nadzwyczajnego. W latach 1999–2026 wypromował ponad 600 licencjatów i ponad 300 magistrów na kierunku pedagogika, głównie z problematyki związanej z pedagogiką opiekuńczo-wychowawczą, z polityką społeczną i pracą socjalną, edukacją kulturalną, regionalną i ekologiczną oraz na kierunku Bezpieczeństwo Narodowe I i II stopnia. Począwszy od 1998 r., w ramach prowadzonej z ramienia uczelni współpracy z Akademią Pracy i Stosunków Społecznych w Moskwie, uczestniczył w międzynarodowych badaniach dotyczących problematyki bezrobocia i wolnego rynku w krajach Europy Środkowej i Wschodniej po 1990 r. Efektem częściowych badań są opublikowane artykuły w czasopismach naukowych w Moskwie i Czelabińsku. Publikowane artykuły naukowe na łamach wydawnictw periodycznych Kujawskiej Szkoły Wyższej we Włocławku obejmują problematykę dotyczącą między innymi pomocy społecznej wobec bezrobocia w Polsce na przykładzie Włocławka, edukacji regionalnej i kulturalnej młodego pokolenia w okresie przemian ustrojowych w Polsce, roli edukacji regionalnej i lokalnej w dobie globalizacji, kulturowych aspektów społeczeństwa wiedzy. W Kujawskiej Szkole Wyższej we Włocławku prowadził i prowadzi od wielu lat zajęcia dydaktyczne m.in. z antropologii kulturowej, historii wychowania i myśli pedagogicznej, międzynarodowych stosunków politycznych i wojskowych.
W latach 1997–2007 na Wydziale Pedagogicznym był odpowiedzialny za realizację praktyk pedagogicznych studentów studiów dziennych i zaocznych. W latach 2000–2007 pełnił funkcję kierownika Zakładu Praktyk Pedagogicznych. W latach 2004–2008 był kierownikiem międzywydziałowego Studium Przygotowania Pedagogicznego w WSHE. Decyzją Zarządu Włocławskiego Towarzystwa Naukowego z dniem 28 I 2009 r. został powołany na stanowisko rektora Wyższej Szkoły Humanistyczno-Ekonomicznej (WSHE) we Włocławku, którą to funkcję pełnił do 2020 r. Od 2010 r. jest kierownikiem Proseminarium Doktoranckiego przy Włocławskim Towarzystwie Naukowym. Wypromował jednego doktora na Wydziale Politologii i Nauk o bezpieczeństwie na UMK w Toruniu. W 2022 r. decyzją Senatu Kujawskiej Szkoły Wyższej we Włocławku (poprzednia nazwa: WSHE) został Profesorem Honorowym Uczelni.
Za swoją pracę społeczną został w 1999 r. odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, w 2004 r. Medalem Komisji Edukacji Narodowej. W 2005 r. otrzymał wyróżnienie Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w ramach XVI edycji Konkursu o Nagrodę i Medal Zygmunta Glogera za wieloletnią działalność kulturalną i badania nad dziejami ziemi kujawskiej i dobrzyńskiej. Za działalność na rzecz rozwoju kultury na terenie Kujaw i ziemi dobrzyńskiej otrzymał odznakę Zasłużony Działacz Kultury (1986) nadaną przez Ministerstwo Kultury i Sztuki, Złoty Medal za Zasługi dla Pożarnictwa (2005), Medal Prezydenta Włocławka, odznakę „Zasłużony dla Kultury Polskiej”, Medal Marszałka Województwa Kujawsko-Pomorskiego „Unitas Durat Palatinatus Cuiaviano Pomeraniensis” (2014) oraz liczne dyplomy i odznaki instytucji i organizacji społecznych.